Аңыз бойынша, Шыңғысхан өзеннің түбіне жерленген. Адамдар оның қабірін таба алмауы үшін де өзен арнасы өзгертіліп, хан көмілген орын өзен астында қалған. Басқа дереккөздерде ұлы қаған жерленгеннен кейін оның қабірін мыңдаған жылқы таптап, жерленген орындағы іздердің жойылғаны айтылады. Бұл жұмысқа қатысқан барлық жауынгер өлтірілген. Өз кезегінде жерлеу рәсіміне қатысқандарды өлтірген жауынгерлер де, қаған әулетінің тапсырмасымен көзі жойылған. Осылайша 10 000 жауынгер өлтіріліп, Шыңғыс ханның орналасқан жері туралы мәліметтер жоғалған.
Бұл ақпараттың ақиқат әлде аңыз екені әзірге белгісіз. Алайда археологтар, тарихшылар, қазына іздеушілер және басқа да кәсіп иелері Шыңғысханның қабірін ғасырлар бойы іздеп келеді.
Моңғолияның астанасы Улан-Батордың жанында Шыңғысханның атта отырған алып мүсіні бар. Қытайдың Эджен-Хоро (Ішкі Моңғолия) провинциясында Шыңғысхан мазары бар. Бұл тек ұлы билеушіні еске алуға арналған ескерткіштер ғана.
Саяхатшы және зерттеуші Марко Поло Шыңғысханның жерленген жері туралы былай дейді: “Шыңғысхан әулетінің барлық билеушілері қай жерде өлсе де, олар Өр Алтай тауына жерленген. Оларды жүз күн жол жүрсе де, сол жерге әкеліп жерлейді”.
Деректерге сүйенсек, Шыңғыс хан 1227 жылы Таңғұт патшалығының астанасы Чжунсиньді (қазіргі Инчуан, Қытай) қоршау сәтінде, кезекті әскери жорығында қайтыс болған. Әмірші өлімінің себебі анықталған жоқ. Тек ол патшалығын үшінші ұлы Үгедейге мұра етіп қалдырғаны анық.
Шыңғысханның өлімі туралы бірнеше аңыз бен гипотеза бар. Яғни ұлы қаған қайтыс болғаннан кейін адал жауынгерлері өз билеушісінің денесін солтүстікке алып кеткен. Бірақ ханның қайда екені әлі белгісіз. Шыңғысханның қабірінде көптеген құнды заттар мен орасан көп қазына жасырылған болуы мүмкін.
Парсы жазушысы, тарихшы және мемлекет қайраткері Рашид ад-Диннің айтуынша, Шыңғысхан өзі көрсеткен жерге жерленген. Бірде хан Онон өзенінің жағасында аң аулап жүрген. Сол жерде ол жанына тыныштық сезінген. Ағашы көп, жапырағы жайқалған жерде тұрып: “Бұл жер мені жерлейтін орын екен. Бұл жерді есіңе сақта және оны белгіле” деген екен ол айналасындағы жауынгерлеріне.
ХІХ ғасырдағы моңғол ғалымы Я.Шмид билеушіні Моңғолияға жерлемегенін айтады. Оның халқы мумиялауды білмеген, ал жол өте алыс болған.
1923-1926 жылдары орыс зерттеушісі және саяхатшысы М.К.Козлов Хангай тауларының жанындағы Хан Көкшүн төбесінде ежелгі кесенені тапты. Ежелгі қаланың қирандылары да сол жерден табылды. Қиранды ішіндегі тастағы жазу қаланы 1275 жылы Шыңғысханның немересі Құбылай салған деп жазылған. Зерттеушілер тастардың арасынан Шыңғысханның 30 ұрпағы жерленген зиратты анықтаған екен.
Мұнда зерттеу жұмыстары жүріп жатқан уақытта жергілікті тұрғындар археологиялық қазбаларға үнемі қарсы болып келген. Олар археологтарға қабірді қазу жамандық әкелетінін ескертіп отырған.
Осы қарсылықтарға байланысты мұндағы зерттеулер тоқтатылған. Моңғолияның ресми үкіметі де кең зерттеулерге кедергі жасады. 1990 жылдары құрылған моңғол-жапон ғылыми зерттеулері де осы себеппен тоқтатаған.
Шыңғысхан мазарының орны туралы бірнеше болжам болғанымен, ұлы қағанның соңғы қонысы Ресеймен шекаралас Моңғолияның солтүстігіндегі Бурхан-Халдун тауларында болды деген болжам шындыққа жақын. Себебі Шыңғысхан бұл жерді қасиетті деп санаған. Бұл жерлер әлі күнге дейін моңғолдар үшін қасиетті саналады.
Бүгінде АҚШ, Жапония, Франция және басқа елдердің зерттеушілері заманауи технологияларды қолдана отырып, осы аймақты мұқият зерттеп жатыр.
Пер-Анри Жискар д’Эстэн бастаған француз зерттеушілері де бұл бағытта айтарлықтай жетістіктерге жетті. Олар ұшатын дрондар арқылы осы таулы ауданды зерттеп, сол жердің сандық моделін жасап, талдады. Сараптамадан кейін олар жерленген хан әулетінің қабірлері орналасқан тас астынан үлкен төбені тапқан. Зерттеушілер ханның мазары дәл осы жерде екеніне сенімді. Алайда Моңғолия үкіметі бұл аймақта ауқымды зерттеулер жүргізуге рұқсат бермей отыр.
